Después de la fundación y colonización de la villa de San Francisco de Campeche en 1540, los españoles asentados en esta tierra necesitaban para sus descendientes y la población en general una educación formal. A Instancia de Fray Pedro Reyes Ríos de la Madrid, vicario de la entonces villa de San Francisco de Campeche se decretó la Cédula Real del 30 de diciembre de 1714. Este mandamiento dispuso que, del convento de los Jesuitas de la ciudad de Mérida, pasaran a la villa tres religiosos a impartir la enseñanza de la Doctrina Cristiana, Gramática, Lectura y Escritura.
A la llegada de los Jesuitas provenientes de la ciudad de Mérida, se hicieron cargo de los bienes y capitales, construyeron una nueva iglesia en el lugar de la antigua, que ya resultaba pequeña y primitiva. Impartieron la instrucción a la niñez, desde el año de 1715 hasta el día 6 de junio de 1767, en que fueron expulsados de la provincia. Tras la salida de la orden, el Ayuntamiento se hizo cargo del Colegio de San José, juntamente con la iglesia anexa.
Durante este tiempo, el cuerpo municipal promovió diligencias ante la Corte, a fin de que vinieran a establecerse en el abandonado colegio cierto número de franciscanos de los que entonces residían en Mérida. El día 8 de enero de 1799, el Virrey de la nueva España, en cumplimiento de las órdenes reales, mandó que se les proporcionaran a los franciscanos de la provincia de Yucatán los edificios (Colegio e Iglesia) y capitales de San José. En ese mismo año, se establecieron los discípulos de San Francisco, restableciendo el colegio, el cual tomó desde entonces un auge que permitió el establecimiento de cátedras de Filosofía, Latinidad y Teología.
El 1º.de octubre de 1820, las Cortes Españolas, decretaron la supresión de las ordenes mendicantes, decreto que fue comunicado por el gobernador de la provincia de Yucatán Don Juan María de Echeverri, al Señor Don Miguel Duque de Estrada, alcalde primero del Ayuntamiento de Campeche, en fecha 2 de febrero de 1821.
El Ayuntamiento nombró una comisión compuesta de un clérigo, el presbítero don José Dionisio Iglesias, y tres de sus miembros, don José Ignacio Medina y don Pedro Delgado, regidores; y don Antonio Pérez Gutiérrez, síndico procurador, para recibir los bienes patrimoniales de San José. El 23 de febrero de 1821, se hizo cargo de ambos el cuerpo municipal, sosteniendo desde entonces una pequeña escuela provisional. El Plantel continuó a cargo de Fray Francisco de Paula Izquierdo, impartiéndose la enseñanza por cuenta de los intereses del capital legado por Don Miguel Antonio de Estrada y en ese estado permaneció hasta 1823, en el que definitivamente desapareció el antiguo colegio para crearse en su lugar el Colegio Clerical de San Miguel de Estrada.
La creación del colegio se debió al presbítero campechano Miguel Antonio de Estrada, quien al fallecer legó una suma de cuarenta mil pesos para la formación y sostenimiento de una escuela de primeras letras en la ciudad murada; se pensó en primera instancia en adquirir un local para tal objeto, no obstante en colaboración con el Ayuntamiento de la ciudad se resolvió que lo mejor sería fundar dicha escuela en el local que había ocupado el colegio de San José. El 17 de octubre de 1823 se erigió el Colegio Clerical de San Miguel de Estrada y comenzó a funcionar el 28 de diciembre de 1823, su primer rector fue el Pbro. José María Mareantes. Durante este periodo, se fundaron las cátedras de Jurisprudencia y se impartieron las cátedras de Derecho Natural y Náutica, y se apertura la Escuela de Medicina y Filosofía.
La aplicación de las Leyes de Reforma expedidas por el Presidente del País Benito Juárez trajo como consecuencia la separación de la Iglesia en el ámbito educativo, resultado de ello fue el cierre del Colegio Clerical de San Miguel de Estrada y la apertura de un colegio moderno denominado Instituto Campechano con base al decreto de fecha 26 de octubre de 1859 expedido por el entonces gobernador del Estado Pablo García Montilla. Y fue el 2 de febrero del mismo año cuando el Instituto Campechano abrió sus puertas a los estudiantes, iniciando así una nueva etapa en la educación campechana.
Los tiempos han cambiado, las necesidades educativas de nuestra sociedad no son las mismas y es con base a esta eventualidad que el Instituto Campechano ha tenido que adaptarse al cambio, a las necesidades y a la modernidad de los tiempos y se han establecido sistemas para la educación media superior, superior y posgrado, además de la preparatoria y licenciaturas como: las Escuelas Normales Preescolar, Primaria y Superior, Ciencias de la Comunicación, Trabajo Social, Gastronomía, Turismo, Mercadotecnia, Artes Visuales y Educación Artística oferta además seis maestrías y un doctorado en Ciencias Sociales.